Ernesto Costa é Professor Catedrático no Departamento de Engenharia Informática da Universidade de Coimbra, onde concluiu a licenciatura em 1976. Obteve o grau de doutor do 3º Ciclo em Informática Teórica pela Universidade de Paris VI, em 1981, e o grau de Doutor em Engenharia Electrotécnica pela Universidade de Coimbra, em 1985. Ao longo da sua carreira académica ocupou vários cargos, tendo sido, nomeadamente, Presidente do Departamento de Engenharia Informática (DEIUC), Presidente da Comissão Científica (DEIUC), Entre Dezembro de 2012 e Dezembro de 2018 foi membro eleito do Conselho Geral da Universidade de Coimbra. Actualmente é membro do Conselho Científico do Instituto de Investigação Interdisciplinar da Universidade de Coimbra. Desde 2019 que é membro do Grupo de Acompanhamento da Estratégia Nacional de Inteligência Artificial 2030. Desde 2021 que foi designado National Contact Point, representando Portugal junto do International Research Center on Artificial Intelligence, um centro de investigação associado à UNESCO.
A sua área de interesse científico é a Inteligência Artificial, e, em particular, tem trabalhado em Computação Evolucionária, Vida Artificial, Sistemas Complexos, Aprendizagem Computacional, Cognição e Biologia Computacional. Faz parte do Centro de Informática e Sistemas da Universidade de Coimbra (CISUC), onde fundou e liderou o Grupo de Inteligência Artificial (GIA) e, mais recentemente, o Grupo de Computação Evolucionária e Sistemas Complexos (ECOS). Desde Março de 2017 que é membro do Executive Board da sociedade cientifica SPECIES, de que foi um dos fundadores. Participou em vários projectos científicos, e os seus trabalhos obtiveram vários prémios internacionais. Em 2009 recebeu o EvoStar Award for Outstanding Contributions to the Field of Evolutionary Computation, um prémio europeu de carreira. Publicou mais de 200 trabalhos científicos em livros, revistas e actas de conferências, e organizou vários eventos científicos em Portugal e no estrangeiro.