Genómica Microbiana

Conhecimentos de Base Recomendados

Conhecimentos básicos em Microbiologia e Bioinformática. 

Métodos de Ensino

Propõe-se a utilização de diferentes estratégias de ensino: 1) aulas expositivas apoiadas na projeção de imagens, esquemas e vídeos, complementadas com questionários para auto-avaliação; 2) seminários (à distância ou presenciais) seguidos de discussão e/ou exploração de casos de estudo; 3) trabalhos de grupo para resolução de problemas microbiológicos concretos;  4) aulas práticas (à distância ou presenciais) onde serão analisados genomas microbianos. Durante e após as aulas será incentivada a interatividade e participação dos alunos propondo temas de discussão. 

Resultados de Aprendizagem

Pretende-se que os alunos adquiram um conhecimento aprofundado da estrutura, organização e plasticidade de genomas microbianos, bem como das ferramentas e metodologias de análise de genomas. Será dado especial ênfase às aplicações da genómica microbiana em diferentes áreas como a saúde humana, animal e ambiental, agricultura e biotecnologia. Os alunos adquirirão competências e/ou conhecimentos em:

1) Sequenciação de ácidos nucleicos.

2) Princípios evolutivos e diversidade de genomas microbianos.

3) Bases de dados de sequências de genomas microbianos.

4) Ferramentas de bioinformática para analisar dados de sequenciação (de segunda e terceira gerações), com a finalidade de montar e anotar um genoma.

5) Planificação de experiências de genómica microbiana, prevendo resultados.

6) Genómica comparativa e genómica funcional.

7) Aplicações da genómica microbiana.

8) Avaliação crítica de questões éticas relacionadas com o recurso a genómica em diferentes contextos. 

Estágio(s)

Não

Programa

Unidades temáticas

A – Introdução: estrutura e diversidade de genomas microbianos; História da genómica.

B – Sequenciação de ácidos nucleicos; Bases de dados; Montagem e anotação de genomas; Algoritmos e protocolos

C – Genómica funcional; Genómica comparativa

D – Genómica para tipagem e identificação de espécies

E – Genoma e evolução

F – Genómica de populações e filogeografia

G – Genómica e epidemiologia

H –O resistoma e o mobiloma

I – Análise genómica das interações com ambiente e hospedeiros

J – Montagem e análise de genomas a partir de dados de metagenómica

O genoma bacteriano será abordado como modelo para exploração de metodologias e ferramentas. As aulas práticas consistirão na montagem e anotação de um genoma, sendo exploradas diferentes análises como a identificação e tipagem in silico, mutações pontuais, plasmídeos, ilhas genómicas, elementos CRISPR, genes de resistência, fatores de virulência (para humanos, outros animais ou plantas).   

Docente(s) responsável(eis)

Isabel da Silva Henriques

Métodos de Avaliação

Avaliação
Resolução de problemas: 10.0%
Frequência: 30.0%
Projecto: 60.0%

Bibliografia

Artigos científicos na área da genómica microbiana que serão fornecidos para cada unidade temática/Scientific papers in the area of microbial genomics that will be provided for each tematic unit.