Genómica Microbiana

Conhecimentos de Base Recomendados

Conhecimentos básicos em Microbiologia e Bioinformática. 

Métodos de Ensino

Propõe-se a utilização de diferentes estratégias de ensino: 1) aulas expositivas apoiadas na projeção de imagens, esquemas e vídeos, complementadas com questionários para auto-avaliação; 2) seminários (à distância ou presenciais) seguidos de discussão e/ou exploração de casos de estudo; 3) trabalhos de grupo para resolução de problemas microbiológicos concretos;  4) aulas práticas (à distância ou presenciais) onde serão analisados genomas microbianos. Durante e após as aulas será incentivada a interatividade e participação dos alunos propondo temas de discussão. 

Resultados de Aprendizagem

Pretende-se que os alunos adquiram um conhecimento aprofundado da estrutura, organização e plasticidade de genomas microbianos, bem como das ferramentas e metodologias de análise de genomas. Será dado especial ênfase às aplicações da genómica microbiana em diferentes áreas como a saúde humana, animal e ambiental, agricultura e biotecnologia. Os alunos adquirirão competências e/ou conhecimentos em:

1) Sequenciação de ácidos nucleicos.

2) Princípios evolutivos e diversidade de genomas microbianos.

3) Bases de dados de sequências de genomas microbianos.

4) Ferramentas de bioinformática para analisar dados de sequenciação (de segunda e terceira gerações), com a finalidade de montar e anotar um genoma.

5) Planificação de experiências de genómica microbiana, prevendo resultados.

6) Genómica comparativa e genómica funcional.

7) Aplicações da genómica microbiana.

8) Avaliação crítica de questões éticas relacionadas com o recurso a genómica em diferentes contextos. 

Estágio(s)

Não

Programa

Unidades temáticas

A – Introdução: estrutura e diversidade de genomas microbianos; História da genómica.

B – Sequenciação de ácidos nucleicos; Bases de dados; Montagem e anotação de genomas; Algoritmos e protocolos

C – Genómica funcional; Genómica comparativa

D – Genómica para tipagem e identificação de espécies

E – Genoma e evolução

F – Genómica de populações e filogeografia

G – Genómica e epidemiologia

H –O resistoma e o mobiloma

I – Análise genómica das interações com ambiente e hospedeiros

J – Montagem e análise de genomas a partir de dados de metagenómica

O genoma bacteriano será abordado como modelo para exploração de metodologias e ferramentas. As aulas práticas consistirão na montagem e anotação de um genoma, sendo exploradas diferentes análises como a identificação e tipagem in silico, mutações pontuais, plasmídeos, ilhas genómicas, elementos CRISPR, genes de resistência, fatores de virulência (para humanos, outros animais ou plantas).   

Métodos de Avaliação

Avaliação
Resolução de problemas: 10.0%
Frequência: 30.0%
Projecto: 60.0%

Bibliografia

Artigos científicos na área da genómica microbiana que serão fornecidos para cada unidade temática/Scientific papers in the area of microbial genomics that will be provided for each tematic unit.