Introdução à Bioinformática
4
2020-2021
02005292
Ciências Biomédicas
Português
Presencial
Semestral
6.0
Opcional
2º Ciclo - Mestrado
Conhecimentos de Base Recomendados
- Conhecimentos de programação
- Biologia celular e molecular
- Bioestatística e modelação computacional.
Métodos de Ensino
A u.c. encontra-se dividida em aulas teóricas e em aulas PL. Na primeira é exposta a matéria numa vertente mais teórica, sem no entanto deixar de promover a participação activa dos alunos. Pretende-se desenvolver nestes a capacidade de raciocínio e de integração de conhecimentos e estimular o seu espírito crítico. As aulas Práticas vão possibilitar, ao aluno, explorar os conceitos adquiridos. Seguir-se-à uma abordagem orientada ao problema através do lançamento de desafios que relacionem conhecimento interdisciplinar fazendo, sempre que possível, uso de grupos de trabalho e de discussão.
Resultados de Aprendizagem
Conhecer de forma sistemática os principais algoritmos e ferramentas utilizados em Biologia Computacional. Em particular, é objetivo focar nos métodos de análise e de anotação de sequências, algoritmos com aplicação em proteómica e na área da biologia de sistemas, e em especial nas redes de regulação genómicas.
Estágio(s)
NãoPrograma
1. Introdução e Conceitos Fundamentais
- a. Desafios Computacionais em Biologia Computacional
- b. Revisão de conceitos de Biologia Molecular e de programação
- c. Revisão de conhecimentos de programação
- d. Bases de dados e bibliotecas Bioinformáticas
2. Métodos para análise da sequência
- a. Alinhamento Global e Local de sequências
- b. Funções de penalização e métodos Heurísticos
- c. Avaliação de Alinhamentos Múltiplos
- d. Anotação de de genomas
- e. Variações genéticas e doenças
3. Métodos para análise da expressão génica:
- a. Microarrays e RNASeq
- b. Clustering e classificação
4. Previsão da estrutura proteica:
- a. Métodos ab initio
- b. Métodos Fold Prediction e de threading
- c. Modelação de PTMs (Post Translational Modifications)
5. Biologia de Sistemas
- a. Propriedades de Redes Biológicas
- b. Descoberta de padrões e de assinaturas
- c. Previsão e simulação de redes biológicas (Regulatory and Protein networks)
- d. Reconstrução de séries temporais
Docente(s) responsável(eis)
Joel Perdiz Arrais
Métodos de Avaliação
Avaliação
Exame: 40.0%
Trabalho laboratorial ou de campo: 60.0%
Bibliografia
Gusfield, Dan. Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 1997. ISBN: 0521585198.
Waterman, Michael. Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences, and Genomes. Boca Raton, FL: CRC Press, 1995. ISBN: 0412993910.
Durbin, Richard, Graeme Mitchison, S. Eddy, A. Krogh, and G. Mitchison. Biological Sequence Analysis: Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge, UK: Cambridge University Press, 1997. ISBN: 0521629713.
Jones, Neil, and Pavel Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms. Cambridge, MA: MIT Press , 2004. ISBN: 0262101068.