Bioinformática

Conhecimentos de Base Recomendados

Biologia Molecular; Genética; Algas e Fungos.

Métodos de Ensino

Todas as aulas serão leccionadas ao longo do semestre.

As aulas práticas e teórico/práticas serão leccionadas com o recurso a computadores (1 por cada 2 alunos) ligados à internet:

1 - sobre análise genómica e proteómica;

2 - inserção e gestão de base de dados (MACOI), os quais terão de ser apresentados por escrito e oralmente.

Apoio tutorial no esclarecimento de dúvidas e resolução de exercícios. Apoio à elaboração do relatório e apresentação oral do trabalho de projecto.

Resultados de Aprendizagem

Utilizar as ferramentas informáticas leccionadas para a resolução de problemas biológicos no que respeita à elaboração de programas com linguagens open source, à análise de sequências de nucleótidos ou de aminoácidos com aplicações open source também e à utilização de diversas aplicações para a construção de bases de dados para catalogação biológica. Saber aplicar os conhecimentos teóricos e experimentais adquiridos à resolução de problemas específicos da área biológica, recorrendo às respectivas ferramentas. Reconhecer o potencial das diferentes metodologias experimentais e saber aplica-las de forma eficaz e objectiva em diferentes situações. Preparar, analisar e veicular informação de forma clara e coerente. Saber quais as fontes mais indicadas para pesquisar e resolver determinado assunto de forma autónoma.

Estágio(s)

Não

Programa

1 - Módulo de análise genómica e proteómica:

   a) recursos da internet
   b) aplicações open source
   c) FASTA e Blast
   d) análise de sequências nucleotídicas
   e) identificação de genes
   f) análise de proteínas.

2 - Módulo de análises filogenéticas.

3 - Módulo de bases de dados bibliográficas, patentes e biodiversidade:

   a) Bases de dados bibliográficas e citação de referências em textos científicos (programa Endnote Web);
   b) projetos internacionais de bases de dados de biodiversidade;
   c) bases de dados de patentes.

4 - Módulo de sistemas de informação geográfica.

Docente(s) responsável(eis)

Leonel Carlos dos Reis Tomás Pereira

Métodos de Avaliação

Avaliação
Resolução de problemas: 50.0%
Projecto: 50.0%

Bibliografia

- Lesk AM (2005) Introduction to Bioinformatics, 2nd Edition. Oxford University Press. ISBN: 0199277877 (disponível na biblioteca Botânico). 

- Mount DW (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2nd Edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press. ISBN: 0879697121 (disponível na biblioteca Botânico).

Recursos WEB:

BASES DE DADOS BIBLIOGRÁFICAS

http://isiknowledge.com/

http://www.endnoteweb.com/

http://scientific.thomsonwebplus.com/

https://estudogeral.sib.uc.pt:8443/dspace/

https://webvpn.uc.pt/webvpn.html

BASES DE DADOS PATENTES

http://www.uc.gats

http://pt.espacenet.com/

BASES DE DADOS BIOLÓGICAS

http://www.catalogueoflife.org/

http://www.gbif.org/

http://www.algaebase.org/

http://macoi.ci.uc.pt/