Descoberta Computacional de Fármacos
1
2018-2019
02031783
Quimica Medicinal
Português
Inglês
Presencial
Semestral
6.0
Opcional
Curso Não Conferente de Grau
Conhecimentos de Base Recomendados
Não aplicável.
Métodos de Ensino
Aulas expositivas e seminários dados por especialistas com interacção com os estudantes como esperado ao nível do doutoramento.
Resultados de Aprendizagem
Expôr os alunos ao estado da arte em ferramentas computacionais usadas no design de fármacos tanto baseado no ligando como no receptor, modelação de farmocofóros, triagem virtual, design baseado em fragmentos, 3D-QSAR e design de novo.
Estágio(s)
NãoPrograma
1. Exploração das relações actividade estrutura
2. Desenho computacional de fármacos
3. Quimiometria e modelação molecular
4. Descoberta de compostos “Hit” e “Lead”.
Docente(s) responsável(eis)
Rui Manuel Pontes Meireles Ferreira de Brito
Métodos de Avaliação
Avaliação
Relatório escrito: 100.0%
Bibliografia
A.F. Jorge et al, Combining polyethylenimine and Fe(III) for mediating pDNA transfection, Biochim.Biophys. Acta, 1850, 1325-1335 (2015)
Sliwoski G, Kothiwale S, Meiler J, Lowe EW Jr., Computational methods in drug discovery, Pharmacol Rev. 2013, 66, 334-95. doi: 10.1124/pr.112.007336
Hanna Geppert, Martin Vogt, and Jurgen Bajorath, Current Trends in Ligand-Based Virtual Screening: Molecular Representations, Data Mining Methods, New Application Areas, and Performance Evaluation, J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 205–216.
Areias, L. R. P., Ruivo, E. F. P., Goncalves, L. M., Duarte, M. T., Andre, V., Moreira, R., Lucas, S. D., Guedes, R. C., “A unified approach toward the rational design of selective low nanomolar human neutrophil elastase inhibitors” " RSC ADVANCES, 2015, 5, 51717-51721
Lucas, S. D., Gonçalves, L. M., Carvalho, L. A. R., Correia, H. F., da Costa, E. M. R.,Guedes, R. A., Moreira, R., Guedes, R. C., "Optimization of O3-Acyl Kojic Acid Derivatives as Potent and Selective Human Neutrophil Elastase Inhibitors", J. Med. Chem., 2013, 56, 9802-6.
DOI: 10.1021/jm4011725
Mugumbate, G., Newton, A. S., Rosenthal, P. J., Gut, J., Moreira, R., Chibale, K. and Guedes, R. C. “Novel anti-Plasmodial leads identified by virtual screening of the ZINC database”, Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2013, 27, 859-871.
DOI: 10.1007/s10822-013-9685-z
Jitender Verma, Vijay M. Khedkar and Evans C. Coutinho, 3D-QSAR in Drug Design - A Review, Current Top. Med. Chem., 2010, 10, 95-115.
http://dx.doi.org/10.2174/156802610790232260
Carolina H. Andrade, Kerly F. M. Pasqualoto, Elizabeth I. Ferreira and Anton J. Hopfinger, 4D-QSAR: Perspectives in Drug Design, Molecules, 2010, 15, 3281-3294.
http://dx.doi.org/10.3390/molecules15053281
Hans-Dieter Höltje, Wolfgang Sippl, Didier Rognan and Gerd Folkers, Molecular Modeling; Wiley-VCH; 3 edition (February 26, 2008).
A.R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications; Prentice Hall 2nd (second) (2001)
David C. Young Computational drug design, Wiley-Interscience; 1 edition (February 12, 2009)
Lavecchia, A. and Di Giovanni, C., Virtual Screening Strategies in Drug Discovery: A Critical Review, Current Medicinal Chemistry 2013, 20, 2839-2860.
Artem Cherkasov et al, QSAR Modeling: Where Have You Been? Where Are You Going To?, J. Med. Chem. 2014, 57, 4977-5010 dx.doi.org/10.1021/jm4004285
Carlos J. V. Simoes, Trishna Mukherjee, Rui M. M. Brito, and Richard M. Jackson, Toward the Discovery of Functional Transthyretin Amyloid Inhibitors: Application of Virtual Screening Methods, J. Chem. Inf. Model. 2010, 50, 1806–1820. doi: 10.1021/ci100250z
Lucas, S. D., Gonçalves, L. M., Cardote, T. A., Correia, H. F., Moreira, R., Guedes, R. C., “Structure based virtual screening for discovery of novel human neutrophil elastase inhibitors”, Med. Chem. Commun, 2012, 3, 1299-1304.
DOI: 10.1039/C2MD20090B
A.R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd Edition), Pearson (Harlow, UK, 2001)
D.C. Rapaport, The art of molecular dynamics simulation (2nd Edition), Cambridge (Cambridge, 2004)
G.A. Lewis, D. Mathieu, R. Phan-Tan-Luu, Pharmaceutical Experimental Design, Dekker (New York, 1999)
C.S. Vitorino et al, Co-encapsulating nanostructured lipid carriers for transdermal application: From experimental design to the molecular detail, J. Control. Release, 167, 301-314 (2013 )