Introdução à Bioinformática

Conhecimentos de Base Recomendados

Biologia celular e molecular.

Métodos de Ensino

Aulas de natureza expositiva e aulas Práticas-Laboratoriais;é exposta a matéria numa vertente mais teórica, promovendo a participação activa dos alunos. Pretende-se desenvolver nestes a capacidade de raciocínio e de integração de conhecimentos e estimular o seu espírito crítico. As aulas Práticas vão possibilitar, ao aluno, explorar os conceitos adquiridos. Seguir-se-á uma abordagem orientada ao problema através do lançamento de desafios que relacionem conhecimento interdisciplinar fazendo, sempre que possível, uso de grupos de trabalho e de discussão.

Resultados de Aprendizagem

O principal objectivo desta disciplina consiste em dar a conhecer as principais fontes de dados e ferramentas utilizadas em Bioinformática sempre na óptica do utilizador. Em concreto é esperado que os alunos desenvolvam as competências abaixo enumeradas:

- Familiarizar-se com a terminologia de bioinformática;

- Identificar e utilizar as principais bases de dados biomédicas e ferramentas bioinformáticas;

- Reconhecer entidades biológicas e usá-las para navegar entre bases de dados;

- Compreender os diferentes tipos de algoritmos de pesquisa e alinhamento de sequências genéticas;

- Ser capaz de realizar alinhamentos genéticos avançados;

- Aprender a determinar a estrutura e função de proteínas a partir da sua sequência;

- Obter uma visão macroscópica do sistema biológico através da correspondência de informações de diferentes domínios.

Estágio(s)

Não

Programa

1. Introdução e Conceitos Fundamentais
    a. Enquadramento (biologia, estatística, informática)
    b. Desafios em Bioinformática
    c. Áreas de aplicação da bioinformática
2. Fontes de informação biomédica
    a. Literatura
    b. Generalistas
    c. Específicas de domínio / espécie
    d. Ferramentas online
    e. Acesso programático a dados
3. Análise de sequências
    a. Formatos de armazenamento de dados
    b. Ferramentas para alinhamento de sequências
    c. Ferramentas para organização de genomas
    d. Alinhamentos múltiplos de sequências (Ácido nucleico e de aminoácidos).
    e. Algoritmos de pesquisa de sequências
    f. Detecção de genes
4. Sequência, estrutura e função
    a. Da estrutura primária à estrutura secundária
    b. Estrutura terciária
    c. Identificação da estrutura e função de uma proteína
    d. Pesquisa e determinação de motivos e domínios
5. Redes Biológicas
    a. Redes de interacção de proteínas
    d. Séries temporais e redes de regulação

Docente(s) responsável(eis)

Nuno António Marques Lourenço

Métodos de Avaliação

Avaliação
Trabalho laboratorial ou de campo: 30.0%
Exame: 70.0%

Bibliografia

Discovering genomics, proteomics, and bioinformatics, 2nd Edition,  A. Malcolm Campbell, Laurie J. Heyer, Benjamin Cummings; 2006

 

An introduction to bioinformatics algorithms, Neil C. Jones, Pavel Pevzner, MIT Press, 2004

 

Bioinformatics computing, Bryan P. Bergeron, Prentice Hall PTR, 2003